Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kontribusi transparansi dan akuntabilitas terhadap good university governance di Universitas Islam Negeri Mataram dan Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Gde Puja Mataram; serta penerapan good university governance dengan indikator transparansi dan akuntabilitas pada sistem keuangan di kedua perguruan tinggi tersebut. Penelitian ini menggunakan metode peelitian mix method. Metode penelitian kuantitatif digunakan untuk mengukur kontribusi masing-masing deskriptor yang terdapat pada indikator, sedangkan metode penelitian kualitatif digunakan untuk mengetahui penerapan good university governance pada masing-masing perguruan tinggi. Sumber data yang digunakan dalam penelitian ini adalah sumber data primer dan sumber data sekunder. Sumber data primer diperoleh dari kuesioner dan wawancara terhadap 180 responden maupun informan dari civitas akademika Universitas Islam Negeri Mataram, dan Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Gde Puja Mataram. Sedangkan sumber data sekunder diperoleh dari dokumentasi terhadap kedua perguruan tinggi tersebut. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa semua deskriptor memiliki kontribusi yang kuat terhadap indikator transparansi dan akuntabilitas. Hal ini menunjukkan bahwa transparansi dan akuntabilitas adalah 2 (dua) indikator yang sangat penting dari beberapa indikator pembentuk variabel good university governance. Dalam rangka mewujudkan tercapainya penyelenggaraan good governance pada perguruan tinggi, proses pengelolaan institusi perguruan tinggi dapat dilakukan melalui berbagai penyesuaian yang dilakukan berdasarkan nilai-nilai yang harus dijunjung tinggi dalam penyelenggaraan perguruan tinggi. Penerapan good university governance dapat meminimalkan terjadinya penyimpangan. Hal ini disebabkan karena mekanisme good university governance akan memunculkan suatu skema pengawasan dan pertanggungjawaban terhadap pengelolaan perguruan tinggi.